Wkrótce po uzyskaniu przez Polskę niepodległości polscy przyrodnicy, leśnicy i miłośnicy turystyki, na spotkaniu w dniu 17 grudnia 1919 r. zaproponowali utworzenie Państwowej Rady Ochrony Przyrody, jako oficjalnego organu państwowego zajmującego się ochroną przyrody. Wśród pomysłodawców wymienia się profesorów różnych dziedzin biologii: W. Szafera, J.G. Pawlikowskiego, E. Romera i S. Sokołowskiego, a także malarza S. Kamockiego oraz ministra oświaty K. Praussa. Jeszcze w tym samym roku rząd polski utworzył w drodze rozporządzenia 15-osobową Tymczasową Państwową Komisję Ochrony Przyrody, która od kolejnego roku stała się Państwową Komisją Ochrony Przyrody. Już wówczas powstał projekt logo nieistniejącej jeszcze Państwowej Rady Ochrony Przyrody – w panującym wówczas, secesyjnym stylu. Litery „PROP” osadzono wśród liści i kwiatów: dziewięćsiła (zapewne popłocholistnego) oraz lilii złotogłów. Sama PROP została powołana dopiero 22 czerwca 1925 r., jako organ 25-osobowy („spośród świata naukowo-przyrodniczego, malarzy, architektów itp.”).
TPKOP, PKOP i do roku 1949 także PROP działały jako organ doradczy (i po części decyzyjny) w zakresie ochrony przyrody przy Ministrze Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego (któremu podlegała ochrona środowiska). Przewodniczącym tych organów był Delegat Ministra WRiOP ds. Ochrony Przyrody. Funkcję tę pełnił (z przerwą w latach 1937-49) prof. Władysław Szafer. Powodem ustąpienia Szafera z tego stanowiska w roku 1937 (podobnie jak wcześniej – w roku 1935 rezygnacji z Rady większości jej członków) były niewłaściwe zdaniem PROP decyzje dotyczące zagospodarowania polskich Tatr.
W dwudziestoleciu międzywojennym PROP była między innymi inicjatorem i twórcą projektu pierwszej ustawy o ochronie przyrody z roku 1934. Inicjowała także tworzenie parków narodowych i rezerwatów (do dziś figuruje jako właściciel niektórych z nich), miała znaczący wpływ na inne akty prawne – np. dotyczące ochrony gatunkowej, a także prowadziła intensywne działania z zakresu edukacji przyrodniczej społeczeństwa. Od roku 1920 organem prasowym PKOP i później PROP było czasopismo Ochrona Przyrody (wydawane do 2000 roku), a od roku 1945 – Chrońmy Przyrodę Ojczystą (wydawane do dziś, przez Polską Akademię Nauk).
PROP była także jednym z inicjatorów i członków założycieli powstałej w 1948 r. Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody (IUCN). Z inicjatywy PROP 21 czerwca 1966 r. uchwalono pierwszą polską ustawę o ochronie powietrza atmosferycznego przed zanieczyszczeniem.
W ostatnich dekadach rola PROP jest stopniowo ograniczana do działającego wolontarystycznie, krajowego organu doradczego w dziedzinie ochrony przyrody, umocowanego organizacyjnie przy Ministrze Środowiska. Zgodnie z obecną ustawą o ochronie przyrody oraz ustawą Prawo Łowieckie niektóre decyzje w dziedzinie ochrony przyrody i gospodarowania jej zasobami wymagają obligatoryjnie jej opinii (która nie jest wiążąca). PROP pełni także funkcję polskiego organu naukowego Konwencji o Międzynarodowym Handlu Dzikimi Zwierzętami i Roślinami Gatunków Zagrożonych Wyginięciem (CITES). W przypadku większości decyzji związanych z tą Konwencją opinie PROP są wiążące dla organu zarządzającego, którym jest Minister Środowiska.
Do dnia 15 kwietnia 2016 r. PROP ustawowo powinna składać się z 40 osób. Tego dnia weszła w życie nowelizacja ustawy o ochronie przyrody, pozwalająca na zmniejszenie składu do 20 osób oraz likwidująca kadencyjność członków Rady (minister środowiska może od tego czasu powoływać i odwoływać członków w każdym momencie wg swojego uznania).
Początkowo na podstawie ustawy z 1949 r. przewodniczącymi PROP był Minister Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego, później Główny Konserwator Przyrody. Wśród kolejnych powojennych przewodniczących Rady byli profesorowie: Romuald Olaczek, Ewa Symonides, Andrzej Grzywacz, Joanna Gliwicz, Joanna Pijanowska, Andrzej Bereszyński, Wanda Olech-Piasecka oraz dr Andrzej Kepel.
Powyższe informacje stanowią wstępne, skrótowe zestawienie podstawowych faktów o powstaniu i funkcjonowaniu PROP w przeszłości.